Регистърът се състои от 6 взаимосвързани части:

1. регистър на научните организации и на учените;
2. регистър на национални проекти за изследвания и развитие;
3. регистър на изследователските цели;
4. регистър за резултатите;
5. регистър на обществените конкурси за научни изследвания и развитие;
6. регистър на проекти по международни програми, в които Република България членува.

В Регистъра се поддържа списък от статистически данни по научни и технологични индикатори.

Регистърът поддържа модел на данни, съвместим със съответния модел препоръчан от Европейската комисия за хармонизиране на информационните системи за научни изследвания на страните, членки на ЕС (CERIF).
Данните в системата са взаимосвързани и повечето от тях са двуезични, на български и английски език. Всички ключови области в регистъра могат да бъдат търсени. Регистърът има връзка към Министерство на образованието и науката, Фонд „Научни изследвания”, Европейската организация за информационни системи за наука (EuroCRIS), Европейската информационна система за проекти и програми за научни изследвания и иновации на ЕС (CORDIS).

Структурата на данните, които системата поддържа са описани подробно в Инструкция №3 за водене на регистър на научната дейност в Република България.

Данните в системата се попълват в частта за конкурсите и програмите за научни изследвания и иновации от оторизирани лица на съответната финансираща организация чрез потребителски интерфейс ( по изключения чрез попълване на електронна форма по ел. поща). Научните организации попълват информация за организацията, общ състав, брой и състав на учените, проекти, цели и резултати, чрез потребителски интерфейс, от оторизирани свои представители. Фирмите и неправителствените организации, регистрирани като извършващи научна дейност организации, също могат да попълват информация в Регистъра.